سیستم عامل ها وظیفه انتقال دستورات ارسالی از سمت ما (با استفاده از ابزاری مانند Mouse و صفحه کلید) به سخت افزار را دارند و به صورت واسطه، ارتباط ما را با سخت افزار کامپیوتر برقرار می سازند. سیستم عامل هایی که اغلب در شبکه مورد استفاده قرار می گیرند بسیار کامل تر از سیستم عامل های کامپیوترهای معمولی هستند.

در سطح شبکه از سیستم عامل های متفاوتی استفاده می گردد که هر یک دارای ویژگی ها و قبلیت های خاص خود هستند. از معروف ترین این سیستم عامل ها میتوان به ویندوز و لینوکس اشاره نمود.

سیستم عامل Linux به دلیل پایداری بیشتر در اغلب مواردی که نیاز به Uptime بالا و امنیت تضمین شده وجود داشته باشد مورد استفاده قرار می گیرد. زبان های برنامه نویسی قابل پشتیبانی در این سیستم عامل HTML و PHP و ... می باشد و برای ذخیره سازی اطلاعات روی آن میتوان از بانک اطلاعاتی قدرتمند MYSQL استفاده نمود. در این نوع سیستم عامل، سرویس دهنده های وب قدرتمندی نظیر Apache و Lite Speed و ... سرویس دهی نموده و تعداد Process های در حال اجرای هم زمان بیشتری نسبت به سایر سیستم عامل ها قابل پشتیبانی می باشد.
لینوکس بر پایه Unix ایجاد گردیده و بسیار امن تر از ویندوز می باشد، بدین صورت که لزوما نیاز نیست پس از نصب و راه اندازی یک آنتی ویروس روی آن نصب گردد. سیستم عامل لینوکس بطور کلی رایگان بوده و به دلیل وجود Kernel به عنوان هسته در این سیستم عامل، در صورت هنگ کردن یک برنامه، امکان استفاده از سایر برنامه ها وجود دارد و بدین صورت نیست که کل سیستم هنگ کرده و نیاز به راه اندازی مجدد داشته باشد. در لینوکس نیازی به نصب Driver های سخت افزاری پس از نصب سیستم عامل نیست. Linux به طور پیش فرض تمامی سخت افزار ها را می شناسد. فایل های سیستمی در لینوکس (XFS) تا 1000 ترابایت را پشتیبانی می نمایند. در حالی که فایل های سیستمی در ویندوز (NTFS) تا 16 ترابایت را بدون مشکل Support می نمایند. همچنین تعداد پردازنده های قابل پشتیبانی در لینوکس 1024 عدد می باشد که در ویندوز این قابلیت وجود ندارد.